Atomix 發生在一個由許多牆組成的運動場上，原子散佈在各處。
玩家的任務是將原子組裝成分子。原子的排列必須與屏幕左側顯示的分子完全匹配。
玩家可以選擇一個原子並將其移動到四個主要方向中的任何一個。一個移動的原子一直在一個方向上滑動，直到它撞到一堵牆或另一個原子。
解決這些難題需要在移動原子方面進行戰略規劃，而在後續關卡中幾乎沒有自由空間，甚至為完整的分子尋找空間也可能是個問題。一旦分子組裝好，玩家就會得到一個分數；拼圖完成得越快，得分越高。
每個拼圖都必須在限定時間內完成。玩家的一部分分數可以用來重新開始失敗的謎題。整個遊戲由 30 個難度遞增的謎題組成。
此外，在每五個謎題之後，還有一個獎勵關卡，玩家必須移動裝有不同數量液體的實驗室燒瓶，使它們從空到滿排列。
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