Akcja Atomix rozgrywa się na polu gry składającym się z wielu ścian, po których rozsiane są atomy.
Gracz ma za zadanie złożyć cząsteczkę z atomów. Atomy muszą być ułożone tak, aby dokładnie pasowały do cząsteczki wyświetlanej po lewej stronie ekranu.
Gracz może wybrać atom i przesunąć go w dowolnym z czterech głównych kierunków. Przesunięty atom przesuwa się w jednym kierunku, dopóki nie uderzy w ścianę lub inny atom.
Rozwiązywanie zagadek wymaga strategicznego planowania w przesuwaniu atomów, a na późniejszych poziomach z małą ilością wolnego miejsca nawet znalezienie miejsca na ukończoną cząsteczkę może być problemem. Po złożeniu cząsteczki gracz otrzymuje punktację; im szybciej ukończono łamigłówkę, tym wyższy wynik.
Każda łamigłówka musi zostać ukończona w określonym czasie. Część wyniku gracza może zostać wydana na wznowienie nieudanej łamigłówki. Cała gra składa się z 30 zagadek o rosnącym stopniu trudności.
Ponadto po każdych pięciu łamigłówkach pojawia się poziom bonusowy, w którym gracz musi przesuwać kolby laboratoryjne wypełnione różnymi ilościami płynu, aby ułożyć je od pustej do pełnej.
New Android ready!