Atomix 发生在一个由许多墙壁组成的游戏场地上，原子分散在各处。
玩家的任务是从原子组装分子。原子的排列必须与屏幕左侧显示的分子完全匹配。
玩家可以选择一个原子并将其沿四个主要方向中的任何一个移动。一个移动的原子不断向一个方向滑动，直到撞到墙壁或另一个原子。
解决难题需要在移动原子时进行战略规划，在可用空间很少的后续关卡中，甚至为完成的分子寻找空间也可能是一个问题。一旦分子组装完成，玩家将获得分数；拼图完成得越快，得分就越高。
每个谜题必须在规定的时间内完成。玩家分数的一部分可以用于重新启动失败的拼图。整个游戏由 30 个难度越来越大的谜题组成。
此外，每完成五个谜题，就会有一个奖励关卡，玩家必须移动装满各种液体的实验室烧瓶，将它们从空排列到满。
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